Le territoire de Margon aurait été occupé dès le Néolithique comme en témoignait un dolmen aujourd'hui disparu, autrefois situé au nord-est de la demeure de la Borde. A l'époque gallo-romaine, une voie traverse Margon du nord-est au sud-ouest suivant approximativement le tracé de la route départementale 918. Au 11e siècle, Margon est l'une des paroisses limitrophes du Perche dunois. Plusieurs interprétations sont avancées quant à l'origine de son nom. Le mot latin Margo désigne un bord, une borne, ce qui renverrait à sa situation en bordure de province. Le terme gaulois Marga fait référence à un lieu boueux, qui pourrait évoquer la confluence des rivières de la Cloche et de l'Huisne. Dès le début du 12e siècle, les premiers seigneurs cités sont Robert de Margone puis Geoffroy. En 1669, la seigneurie de Margon est réunie à celle de la Galaisière en Condé-sur-Huisne pour former un marquisat appartenant à Armand Charles Jean de Riants, comte de Rémalard et baron de Voré. A cette époque, les seigneurs de Margon, membres de la famille Radray, habitent le manoir dit de la Bourbonnaise construit en 1617 en face de l'église paroissiale à l'ouest et détruit en 1851 suite à un incendie. D'autres familles dominent le territoire de Margon sous l'Ancien Régime telles que les d'Amily au manoir de Champeaux (également réuni à la seigneurie de la Galaisière) et les Durant au manoir du Bois Jolly. La configuration de la commune peut surprendre car il n'y a pas réellement de centre bourg. Le vieux bourg juché sur son éperon rocheux comprend juste quelques maisons anciennes, l'église paroissiale, le presbytère et l'école. Les autres constructions se situent le long de route nationale 23 (avenue de Paris) et aux abords immédiats de la ville de Nogent-le-Rotrou. Depuis le début des années 1960, une profonde transformation s'est opérée dans la commune, en lien avec la proximité de la ville de Nogent-le-Rotrou. L'activité agricole a diminué au profit du travail en ville et les ouvriers viennent s'installer et construire leur résidence en périphérie de Nogent. Depuis la commune ne cesse de s'accroître. Selon les chiffres de recensement de la population de 1999 de l'INSEE, l'habitat construit avant 1948 représente 117 logements contre 391 entre 1949 et 1990, les périodes 1975 à 1981 et 1982 à 1989 étant les plus importantes en terme de nouvelles constructions.
Brunelles, Coudreceau et Margon fusionnent et deviennent Arcisses en 2019.